Merkataritza Zuzendaritzaren lehentasunezko helburuetako bat Euskal Autonomia Erkidegoko merkataritza-jarduera bultzatzea eta indartzea da, baita jarduera jakin batzuk ere; hain zuzen ere, merkataritza-sektorea eraginkorragoa eta lehiakorragoa izatera bultzatuko dutenak, lurralde-irisgarritasunari eta -banaketari dagokienez orekatua eta, aldi berean, hiri-kohesioan eta hirien erakargarritasunean laguntzen dutenak.

Era berean, helburu horien bidez, sektorea modernizatu nahi da eta merkataritza-enpresen errentagarritasuna eta alderdi ekonomikoa areagotu; izan ere, hori lortzea lagungarri izan daiteke zerbitzuak profesionalizatzeko, banaketa-sistema arrazionalizatzea eta horren kostuak murriztea, eta bere ingurunera, ingurune berrietara eta gizartearen bizimodu berrietara egokitutako merkataritza-egiturari eustea, betiere herritarren eskariaren premiei erantzuteko gai izanik.

Horretarako, Industria, Berrikuntza, Merkataritza eta Turismo Sailak —merkataritzako eskumen-arloaren bidez— programa sorta bat antolatu du, aipatutako helburuak lortzeko asmoz.